5-氟尿嘧啶化疗的特异性不良反应与早期结直肠癌患者的无病生存期和总生存期的延长有关。有研究显示，在乳腺癌中，辅助化疗期间出现的白细胞的低值与无病生存期和总生存期的延长程度有关。在不同位口服辅助化疗的结直肠癌患者中，中性粒细胞减少的患者的无病生存期明显长于未出现中性粒细胞减少的患者(P=0.021)。与这些辅助化疗的结果相似，在转移性结直肠癌患者中，应用针对性方案治疗时出现中性粒细胞减少的患者总生存期较长。但研究显示，白细胞减少或血小板减少对生存期没有预测作用。
根据研究分析显示黏膜炎和呕吐都是无病生存期和总生存期的独立预测因子，它们之间没有关联。出现任何等级的黏膜炎的患者中，无病生存期和总生存期都明显延长。应用5-氟尿嘧啶进行化疗，口腔和胃肠道黏膜炎的发生率都很高。
研究结果中，5-氟尿嘧啶的这种典型的毒性作用貌似可以作为足够剂量强度的替代标志物。在这一系列的患者中，5-氟尿嘧啶的曲线下面积与黏膜炎有关，而黏膜炎又可以作为剂量强度的替代标志物。
5-氟尿嘧啶是一种不太容易导致呕吐的药物，但我们发现呕吐与无病生存期和总生存期之间也存在明显的相关性。对于为什么呕吐会成为生存期的有效预测因子，还想不到最合适的解释。其机制可能与5-氟尿嘧啶通过消化道时所导致的内皮损伤（与黏膜炎相同）有关，也可能与个体对5-氟尿嘧啶的敏感性有关。
然而，虽然腹泻也是5-氟尿嘧啶的常见不良反应，并且与粘膜损伤有关，在研究中，腹泻本身与生存期之间没有相关性。但是非血液学毒性反应这一综合标志物（包括腹泻）的作用还是很明显。
